Как только герои прибудут к дереву, появится и объект долгого преследования. Верхом на своём серебряном драконе прибудет сам Куджа.

Можете ещё раз перераспределить героев. Затем, бегите по корням до места, где партия решит сократить путь, взобравшись на высокий выступ. Когда команда, наконец, настигнет Куджу, тот не откажется ответить на некоторые вопросы. А затем, на горизонте появится флот александрийской армии, с королевой Брэн во главе. Она появилась здесь с одной целью - уничтожить Куджу, который, по её мнению, является последней преградой на её пути к всеобщей власти. Куджа, впрочем, нисколько не удивится такому повороту событий. Ведь всё это является частью его тонкой постановки, в которой каждый добросовестно выполняет свою предначертанную роль.

После того, как Даггер побежит вниз, герои решат следовать за ней. Из-за корня выглядывает мугл Моччи. Сохраните игру и спускайтесь к основанию дерева.

Как только вы вступите на большой корень, бегите без остановки вниз, а вас, тем временем, будут догонять монстры Mistodon, создаваемые Куджей. Нескольких битв вам не удастся избежать в любом случае, но постарайтесь свести их число до минимума, не сбавляя скорости во время бега.

Достигнув подножия, герои увидят пришедшую в отчаянье Даггер. Думая о том, как спасти свою мать, она сумела пробудить спящего в камне эйдолона и получила камень Aquamarine.

Но, все её усилия были напрасны - ведь пробуженным эйдолоном оказался легендарный морской змей Левиафан (Leviathan), который атакует гигантской волной, всё разрушающей на своём пути. Явно не самый удачный выбор, чтобы спасти обречённый флот королевы...

А между тем, начинают разворачиваться основные события драмы. Королева призывает могущественного эйдолона по имени Багамут (Bahamut), который почти сумеет поджарить Куджу. Но, тому всё же удастся избежать гибельного пламени короля драконов, и злодей отделается одной лишь царапиной и задетым самолюбием.

Придя в себя, Куджа наносит ответный удар. В результате атаки гигантского глаза с вершины небес, разум Багамута помутнеет, и он станет уничтожать без разбора всё на своём пути. В том числе, разнесёт в щепки и корабль с королевой, своей бывшей хозяйкой...

После того, как битва гигантов закончится, Брэн сумеет выбраться на берег на спасательной шлюпке. Но, жить ей осталось недолго. На руках Даггер, перед своей кончиной, она покается в содеянном, и пожелает принцессе стать более достойной королевой своему народу, чем была она.

Второй диск игры закончится в Александрии, на могиле королевы Брэн, где её приёмная дочь, принцесса Гарнет, готовится принять на себя тяжёлую ношу ответственности за доставшееся ей королевство...