Главный герой, брат-близнец Шелинки. В начале игры Юрию девять лет, и в силу возраста он ведёт себя как беззаботный мальчишка, который любит спорить с сестрой и постоянно её подкалывает. Отец служит Юрию образцом для подражания.
Спустя три года после переломных событий в его жизни, Юрий становится более ответственным, у него меняются ценности и взгляды на жизнь. Вместе с этим преобразуется и его характер - из весёлого шалунишки он превращается в серьёзного, замкнутого юношу, озабоченного болезнью сестры.

"Старшая" сестра-близнец Юрия. Это звание Шелинка присвоила себе сама и очень любит задевать этим брата, хотя на самом деле она родилась всего на несколько минут раньше. Тем не менее, она считает Юрия лидером и готова доверить ему свою жизнь. Шелинка обладает особенным кристаллом, позволяющим ей и Юрию использовать магию.
Управлять Шелинкой игрок может только в режиме "Multiplay".

Алханалем или Ал - самый взрослый персонаж партии, близкий друг Мит и доверенное лицо семьи сэра Латова. Он очень талантливый и умеет сохранять спокойствие в любых ситуациях. В прошлом Ал был мудрецом при короле Колке и работал вместе с родителями близнецов, а после увольнения вместе с Алерией и Латовым перебрался в небольшую деревню Вилла.
Окончательно Алханалем присоединится к партии после второго посещения Горы Ваал (Mount Vaal)..

Пятнадцатилетний мальчик Селки. На ломаном языке он рассказывает или спрашивает о съедобности предметов. Как и все Селки, Гнэш очень ловкий и обладает острым чутьём, которое не раз спасало героев от беды. К партии Гнэш присоединится после оказанной ему помощи в Бескрайнем Лесу (Abyssus Forest).

Учитель алхимии. Так же, как и Ал, она когда-то работала во дворце при короле Колке. Мит - типичный холерик: очень подвижная и вспыльчивая. Она живет вместе с Алханалемом и является близким другом семьи близнецов. Многие принимают Мит за ребенка из-за её маленького роста (что свойственно племени Лилти), но ей уже около тридцати лет.
Мит - последний персонаж, который присоединится к партии. Вы её найдёте в Рела Сиель (Rela Cyel).

Мать Юрия и Шелинки, жена Латова. Двенадцать лет назад она была оракулом (провидицей, a.k.a Starsinger) у короля Кольки - мужа её сестры, так же известной своим даром прорицания.

Алерия с детства обладает способностью к ясновидению, которая отразилась на всей её жизни.

Отец Юрия и Шелинки, муж Алерии. Как и Алерия, Латов служил у короля, но в его обязанности входила защита царской семьи. Он очень хороший мечник и обладает большой физической силой. Во время падения Рела Сиель Латов помогал эвакуировать людей вместе с Алханалемом, Мит и Алерией. После этого инцидента он покинул службу при короле.

Правитель королевства Ребена Те Ра. О ранних этапах его жизни ничего неизвестно, кроме того, что с юности он состоит в хороших отношениях с Латовым. Их связывает даже то, что они женились на сестрах-Клаватах. Но жена Кольки умерла при родах, на прощание подарив ему дочь, которая была названа Тиликой.

Дочь короля Кольки, наполовину Селки, наполовину – Клават. В возрасте десяти лет она погибла при мистических обстоятельствах в Рела Сиель.
Её душа не смогла отлететь в мир иной, и призрак Тилики часто появляется в местах разрушения красных кристаллов.

Один из антагонистов игры, слуга Галдеса. Ку Часпэл - выходец из расы Лунитов, существ, лишённых магических способностей и возможности использовать кристаллы. Поэтому его главной задачей является поиск людей, которые могут использовать силу кристалла. Как и все Луниты, Ку Часпэл питается гневом и жадностью - эмоциями, свойственными Луне.

Главный антагонист, король Лунитов и верховный жрец Кристального Храма в Ребена Те Ра. Галдес властолюбив, поэтому его главная цель - подчинить себе весь мир, используя силу Великого Кристала.

На пути героев Галдес появляется в конце игровых событий.

Впервые Штильцхен встречается в деревне Вилла, в которую он вернулся после двухгодичного путешествия по миру. Он организует группу, состоящую из муглов, которая в дальнейшем будет помогать Юрию и Шелинке преодолевать трудности.

Как и в первой части СС, Штильцхен преподаёт игроку уроки ведения боя, после чего снова отправляется в путешествие.

Артемисьён - заведующий магазином в Ребена Те Ра, в котором продаются всякого рода карманы (pocket), зелья и эфиры. Он встречается в нескольких подземельях в окружении помощников-муглов, чтобы продать героям что-нибудь из своих запасов.
Во время событий в Рела Сиель Артемисьён был пойман на мародёрстве, но Алханалем вовремя его остановил. Но в итоге его тяга к воровству приводела к созданию Полосатой Бригады, знакомой игроку из первой части Сrystal Сhronicles.

Существо, обитающее в Царстве Теней и называющее себя Карбунклом.
На пути героев он встречается лишь однажды и рассказывает о месте, в котором они оказались. При помощи магии он отправляет персонажей в прошлое для выполнения определенной миссии.

Когда всё будет выполнено, Карбункул попрощается с героями и отправит их в кристальную пещеру Ребены Те Ра.